Hội nghị Khoa học Cơ học Thủy khí toàn quốc là một hoạt động thường xuyên của Hội Cơ học Thủy khí được tổ chức mỗi năm một lần (từ năm 1998) vào tuần cuối cùng của tháng 7 hàng năm, với mục đích trình bày, thảo luận và trao đổi những kết quả nghiên cứu mới nhất trong lĩnh vực Cơ học thủy khí và các lĩnh vực liên quan của các Hội viên Hội Cơ học Thủy khí và các nhà khoa học trong nước và quốc tế. Các báo cáo khoa học trình bày trên Hội nghị được tuyển chọn thông qua các ý kiến phản biện của các chuyên gia chuyên ngành hẹp để được in trong “Tuyển tập Công trình Hội nghị Khoa học Cơ học Thủy khí toàn quốc” hàng năm.
Năm 2017, Hội nghị Khoa học Cơ học Thủy khí toàn quốc lần thứ 20 được tổ chức tại thành phố Cần Thơ 27-29/07/2017, với 113 báo cáo đã được trình bày tại 7 tiểu ban. Năm 2017 đánh dấu một năm quan trọng với tập thể thầy, cô giáo và sinh viên Khoa Xây dựng Thủy lợi – Thủy điện, trường Đại học Bách khoa – Đại học Đà Nẵng. Với số lượng báo cáo tham gia tại hội nghị là 21, bao phủ trên nhiều lĩnh vực nghiên cứu khác nhau. Được các đại biểu và các nhà khoa học đánh giá cao về chất lượng, tính thực tiễn và ứng dụng các thành tựu khoa học mới.
Hội nghị cũng đã lựa trọn và trao Giải thưởng Khoa học và Công nghệ của Hội Cơ học Thủy khí (do gia đình cố GS. Vũ Tất Uyên tài trợ) cho hai nhóm tác giả:
1) Nguyễn Thế Dũng, Nguyễn Ngọc Du, Đặng Ngọc Thanh: “Nghiên cứu ảnh hưởng của diện tích cơ cấu nối thông các buồng đốt trong động cơ tên lửa nhiên liệu rắn hai buồng đốt liên hợp”
2) Lương Quang Huân, Phạm Xuân Tùng, Ngô Văn Hiền, Vũ Quốc Huy: “Nghiên cứu, phát triển hệ thống ổn định và tránh vật cản cho máy bay quadrotor”